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Utiliser le logiciel Anagène pour
comparer les séquences d'acides aminés des différentes chaînes de
2 anticorps :
ØTélécharger les séquences des différentes chaînes de 2 anticorps différents (clic droit puis "enregistrer la cible sous", enregistrer la molécule sur votre bureau ou dans vos documents) ØOuvrir les séquences téléchargées avec le logiciel ANAGENE (dans le dossier logiciels SVT, génétique). cf fiche technique Anagène Le fichier comprend :
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d’une part, les séquences des chaînes lourdes de 2 anticorps :
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d’autre part les séquences des chaînes légères de ces mêmes
anticorps.
ØComparer
les chaînes légères puis les chaînes lourdes des 2 anticorps.
Choisir
Alignement avec discontinuité.
Rq : Penser à utiliser l’échelle correspondant aux acides aminés.
Noter les positions des parties hypervariables et des parties constantes
Utiliser le logiciel Rastop pour localiser les parties variables des anticorps :
Ø Ouvrir la molécule d'anticorps (téléchargée précédemment) avec le logiciel RASTOP Ø Utiliser la commande "abc" et la palette de couleur (cf fiche technique) pour colorer différemment les séquences variables des différentes chaînes (que vous avez localisées avec Anagène) .
Rq : la commande "abc" vous permet de sélectionner les acides aminés souhaités et la palette de couleur vous permet de les colorer. Vous devez dans un 1er temps sélectionner les acides aminés souhaités à l'aide de la commande "abc". Une fois sélectionnés, les acides aminés n'apparaissent pas sur la molécule car vous devez ensuite les colorer différemment ou modifier leur représentation pour les faire apparaître.
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