Comment construire un arbre phylogénétique ?

1ère étape :

construction de la matrice taxon - caractère

(après le choix des espèces et des caractères homologues à étudier).

La  lamproie est ici un extra-groupe.

2ème étape :

construction de la matrice taxon - caractère avec détermination de l'état

0 : caractère à l'état primitif

1 : caractère à l'état dérivé

3ème étape :

classement des espèces (commande Phylogène "grouper")

• On classe les espèces en les groupant par caractères du plus partagé ("Mâchoires" : 6 espèces partagent le caractère dérivé) au moins partagé ("bréchet" : 1 espèce possède ce caractère) et  ("allaitement" : 1 espèce possède ce caractère).

4ème étape :

construction de l'arbre phylogénétique (commande Phylogène "arbre")

• L'arbre reflète avec une autre présentation, le classement précédent.

5ème étape :

annotation de l'arbre phylogénétique

• On place sur l'arbre les caractères dérivés acquis (= innovations génétiques) ; on peut aussi placer les ancêtre commun hypothétiques aux noeuds des arbres.

• On peut mettre en évidence certains clades (un clade comporte l'ancêtre commun hypothétique et toutes les espèces actuelles et fossiles qui en dérivent).