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Les fichiers Zip après téléchargement du site "SVT" doivent être enregistrés dans un dossier (Document, ou téléchargement...), puis dézippés (faire extraire "ici"). Ces zip contiennent une ou plusieurs molécules au format .pdb et 2 scripts identiques (l'un est au format .rsm et l'autre au format .scr).
Pour exécuter le script, il suffit :
soit de double cliquer sur le fichier .rsm
soit d'ouvrir le fichier .scr (ou .rsm) par la commande "fichier" puis "charger un script"
Lors du déroulement d’un script, on passe d’une "scène" à une autre en appuyant sur la barre d’espacement (ou sur tout autre touche). C’est la commande (pause) qui à l’intérieur du script bloque les diverses scènes).
Pendant le déroulement d’un script, s’affiche en bas et à droite de l’écran un voyant de couleur orange. Ce voyant reste orange tant que le script n’est pas achevé.
Voici ci-dessous la totalité du panneau de commande au cours de l’exécution d’un script. On y observera la fenêtre d’affichage des commentaires du script, en bas et à droite du panneau . A l’extrême droite et en haut, le voyant orange de contrôle du déroulement du script ; à l’extrême gauche, et en haut, le bouton « Univers », ici coché ; dans cette position du bouton, toutes les molécules affichées à l’écran sont solidaires.
Pour désolidariser les molécules présentes à l’écran (quand le script présente plusieurs molécules à la fois), il faut décocher le bouton Univers
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les molécules sont alors désolidarisées
Pour changer de molécule, il
suffit de cliquer sur le bouton 
de la
barre des icônes, en haut de l’écran.
A l’achèvement du script, le voyant devient gris.
Le panneau de commande indique alors dans la fenêtre d’affichage du script la fin de ce script : « Script executed! »
La ou les molécules sont alors totalement utilisables par l’opérateur.